Evropská komise vede s Českou republikou již od ledna 2019 řízení o porušení evropského práva kvůli této vyhlášce, která je podle ní v rozporu s volným pohybem zboží na jednotném evropském trhu. Komise opakovaně vyzvala ČR ke zrušení vyhlášky, naposledy počátkem roku 2024 prostřednictvím komisařky pro zdraví a bezpečnost potravin Stelly Kyriakides.

MZe snížilo počet položek potravin, u kterých je nezbytné hlásit příchod zásilky, z 23 na 5. Konkrétně jde o jablka, brambory, mák setý, doplňky stravy a potraviny živočišného původu (s některými výjimkami). Tyto položky byly zachovány na základě analýzy rizika a výsledků úředních kontrol, které u nich odhalily zásadní porušení potravinového práva. Mezi nejčastější problémy patří výskyt salmonely u drůbežího masa, nadlimitní obsah reziduí pesticidů u ovoce, zeleniny a máku či přítomnost zakázaných látek v doplňcích stravy.

Povinnost hlásit 24 hodin předem dovoz potravin způsobuje problémy obchodníkům i potravinářským podnikům, které jsou nuceny dovážet suroviny kvůli jejich nedostatku na českém trhu. Zdržení na hranicích vede ke zhoršení kvality čerstvých potravin a zvyšuje jejich uhlíkovou stopu.

Nařízení o úředních kontrolách umožňuje členským státům v nezbytné míře požadovat po provozovatelích ohlášení příjmu zásilek živých zvířat a potravin, což MZe formou této vyhlášky využilo. Administrace hlášení elektronickou formou funguje již od roku 2015 a MZe odmítá tvrzení, že by kvůli hlášení stály na hranicích fronty kamionů.

I přes snížení počtu položek podléhajících hlášení považují kritici změny ve vyhlášce za nedostatečné a tvrdí, že nadále omezuje konkurenci a zatěžuje podnikatele. MZe naopak argumentuje nutností ochrany spotřebitelů a prevence negativních dopadů na lidské zdraví, přičemž se odvolává na nařízení o úředních kontrolách, které členským státům umožňuje požadovat ohlášení příjmu zásilek.